A kakukkfű antibakteriális, antivirális és gombaölő hatású. Mindenféle gombás fertőzésre kiváló: lábfürdő, hüvelyöblítő, lemosó szer készíthető belőle. A kerti kakukkfű fontos féregűző és féregirtó. Ezen kívül görcsoldó, szélhajtó, izzasztó, köptető és fertőtlenítő hatású. Teáját gyakran használják hörgőbántalmak ellen, heveny hörghurut, szamárköhögés és gégegyulladás esetén. Ugyancsak használ hasmenés, idült gyomorhurut és étvágytalanság ellen.

Teája kiváló köhögéscsillapító, de a népgyógyászatban gyomorbántalmakra, felfúvódásra is adják. Torokfájásnál öblögetőként hatékony. A kakukkfű hatóanyagai erősítik az immunrendszert, segítik a zsírok emésztését. Menstruációs görcsöknél, gyomorelnyálkásodásnál kitűnő házi szer, ha óránként egy evőkanállal iszunk belőle.